Bahasa Yatoke mempunyai dua dialek, yaitu dialek Yatoke dan Pepra.  Hal itu didasarkan hasil penghitungan dialektometri bahwa persentase dialektometri antara isolek Yatoke dan Pepra adalah 53%. Dialek Yatoke dituturkan oleh masyarakat Yatoke, Kecamatan Pulau-pulau Babar Timur, sedangkan dialek Pepra dituturkan oleh masyarakat Letsiara, Kecamatan Pulau-pulau Babar, Kabupaten Maluku Barat Daya. Dialek Pepra dituturkan juga di Desa Tepa dan Yaltubung, Wetang, dan Manuwai.Berdasarkan hasil penghitungan dialektometri, isolek Yatoke merupakan sebuah bahasa dengan persentase perbedaan berkisar 96—98% jika dibandingkan dengan bahasa lain di Maluku, seperti bahasa Yatoke dengan bahasa Emplawas 98% dan bahasa Serili 96%.